En mai 1940, l’armée allemande envahissait l’Europe de l’Ouest, et ceux qui se trouvaient sur le continent et qui avaient fui le Reich se retrouvèrent à nouveau en danger. Des milliers de réfugiés allemands suspectés par les autorités locales d’être des saboteurs ou des agents nazis furent arrêtés et considérés comme des « ressortissants d’un pays ennemi ». Des dizaines d’ex-passagers du Saint Louis furent internés dans des camps avec des fascistes et des sympathisants nazis. Les autorités britanniques internèrent quelques-uns des ex-passagers sur l’Île de Man ; ils en envoyèrent d’autres dans des camps au Canada et en Australie. Beaucoup parmi ceux qui se trouvaient alors en Belgique et en France furent envoyés dans des camps d’internement français après avoir traversé la frontière franco-belge. Dès l’occupation de la France, de la Belgique et des Pays-Bas par l’Allemagne, la plupart des ex-passagers subirent à nouveau la législation anti-juive.
Les réfugiés se trouvant dans la France de Vichy non occupée pouvaient légalement émigrer aux États-Unis ou ailleurs en passant par l’Espagne et le Portugal, même après octobre 1941, lorsque les nazis interdirent l’émigration juive à partir des territoires qu’ils occupaient. Cependant, organiser un tel voyage était compliqué et exigeait du temps et de l’argent. Celui qui voulait aller aux États-Unis avait besoin d’un permis d’entrée du consulat américain à Marseille, d’un visa de sortie français et de visas de transit tant pour l’Espagne que pour le Portugal. Les visas espagnols et portugais ne pouvaient être obtenus qu’après avoir réservé un billet sur un bateau au départ de Lisbonne. Certains réfugiés, dont quelques-uns parmi les milliers toujours détenus dans des camps d’internement français, réussirent malgré tout à émigrer. Mais en 1942, ces dernières filières permettant de quitter la France disparurent et les Allemands commencèrent la déportation des Juifs d’Europe de l’Ouest vers les centres de mise a mort nazis à l’Est.
À partir de ce moment, la plupart des passagers du Saint Louis connurent le même sort que les autres Juifs d’Europe. Beaucoup furent assassinés dans les camps de concentration et les centres de mise a mort ; d’autres entrèrent dans la clandestinité ou survécurent à des années de travaux forcés ; quelques-uns réussirent à s’échapper et à fuir vers d’autres pays.
Tous ceux qui étaient à bord du Saint Louis eurent leur propre histoire poignante, tragique.
