Le 6 juin 1939, le Saint Louis remit le cap sur l’Europe. Sept jours plus tard, alors que le bateau traversait l’Atlantique, un accord fut conclu, donnant un nouvel espoir aux passagers. Grâce à une collaboration entre des organisations juives européennes et des représentants du gouvernement, Morris Troper, le Directeur européen du JDC, prit des dispositions pour que les passagers du Saint Louis puissent émigrer en Grande-Bretagne, en France, en Belgique et aux Pays-Bas. La Grande-Bretagne accueillit 287 passagers, la France 224, la Belgique 214 et les Pays-Bas 181.
Le 14 juin 1939, un journal français déclarait que « la douloureuse odyssée du Saint Louis avait pris fin. » Après des semaines d’incertitude et de peur, les passagers apprirent finalement qu’ils ne devraient pas rentrer en Allemagne nazie. Mais pour bon nombre d’entre eux, ce jour marqua le début d’un autre voyage, plus tragique celui-là.
Le Saint Louis arriva dans le port d’Anvers le 17 juin, après avoir passé plus d’un mois en mer. Moins de trois mois plus tard, la guerre éclatait. En un an, presque toute l’Europe de l’Ouest allait passer sous l’occupation allemande et la terreur nazie allait à nouveau menacer les ex-passagers du Saint Louis se trouvant sur le continent.