L'administration allemande fut responsable de la déportation des Juifs de Belgique. Sous l'occupation allemande, entre 65 000 et 70 000 Juifs vivaient en Belgique, principalement à Anvers et à Bruxelles. Ils étaient dans leur immense majorité étrangers ou apatrides, venant de Pologne pour la plupart. Ils avaient trouvé refuge en Belgique après la Première Guerre mondiale. A l'été 1940, certains Juifs allemands et réfugiés politiques éxilés en France furent emprisonnés dans les camps d'internement de Gurs et Saint Cyprien.

En Belgique, la résistance à l'occupation allemande bénéficia d'un soutien considérable. Plus de 25 000 Juifs évitèrent la déportation en se cachant. L'administration civile belge refusa de coopérer aux déportations, sauf à Anvers, où le bougmestre ordonna à la police de coopérer durant l'été 1942. Etant donné que la plupart des Juifs de Belgique était des immigrés, ils croyaient moins facilement les appels officiels et étaient plus réticents à donner des informations aux autorités. Les déportations furent conduites par la police militaire allemande. Entre 1942 et 1944, les Allemands déportèrent près de 25 000 Juifs de Belgique vers le camp d'extermination d'Auschwitz. La plupart y furent assassinés. Les camps de Breendonk et surtout celui de Malines (Mechelen) servirent de centres de regroupement pour les déportations. Moins de 2 000 déportés survécurent à la Shoah.